Samurai Pena

Kita bukan bangsa primitif. Menulislah untuk mengukir sejarah. Tulisan adalah rekaman sejarah, dengan menulis, kita bisa menjadi bagian dari sejarah

Zaman sejarah adalah zaman yang ditandai dengan adanya prasasti dan peninggalan purbakala yang menunjukkan bahwa suatu peradaban sudah mengenal tulisan. Sebelum itu, peradaban tersebut disebut sebagai pra-sejarah atau nirleka (nir = tidak ada, leka = tulisan). Bahkan ketika kata prasejarah belum cukup populer, dahulu para ahli sejarah menyebut peradaban sebelum adanya tulisan sebagai peradaban primitif. Peradaban pra - sejarah hanya diketahui dari artefak, tulang-belulang, kondisi alam dan bukti tidak tertulis lainnya karena tidak ada  tulisan yang bisa menggambarkan kondisi saat itu. Zaman sejarah umumnya bersamaan dengan kemampuan suatu peradaban untuk mengolah logam besi. Kemampuan mengolah besi menunjukkan tingkat pengetahuan dan teknologi peradaban tersebut. Berbeda dengan zaman batu atau bahkan perunggu dan tembaga sekalipun, yang merupakan zaman yang lebih kuno, pengolahan besi dinilai lebih sulit karena membutuhkan pemanasan hingga 3500 oC. Kemampuan menulis menjadi suatu parameter penting, karena menulis menunjukkan kemampuan suatu peradaban untuk mendokumentasikan dan menyebarkan ide dan berikutnya belajar dan berkembang dari ide tersebut.

Menulis adalah suatu pekerjaan yang melibatkan pikiran kita. Tulisan itu mengandung ide. Menulis berkenaan dengan ide yang akan disampaikan. Oleh karena itu, berilah penekanan lebih pada ide apa yang akan anda tulis dibandingkan dengan dimana anda akan publish tulisan  atau bagaimana anda membuat tulisan tersebut. Jangan berpikir bahwa ide yang buruk akan tertutupi oleh tulisan yang indah, itu tidak sepenuhnya benar, bahkan ide menjadi faktor utama baiknya tulisan. Namun, bagaimana anda menghantarkan tulisan tersebut menjadi faktor terpenting kedua setelah ide. Penghantaran dan bahasa yang salah akan membuat ide anda tidak sampai pada pembaca. Oleh karena itu, setelah menentukan ide apa yang akan anda bagikan pada pembaca. Langkah selanjutnya adalah anda harus memikirkan bagaimana Ide anda sampai pada pembaca. Ingat pembaca memiliki karakteristik yang berbeda-beda, maka tulisan anda harus dapat menjangkau pembaca dengan spektrum yang luas.  Berikut beberapa tips untuk menulis tulisan populer.

Pertama, menulis itu harus kreatif. Kreatif berarti create atau membuat sesuatu,  membuat kata, menulis dengan kata dan kalimat baru, menggunakan bahasa yang tidak biasa, yaitu bahasa majas. Tulisan akan terasa lebih emosional atau melibatkan perasaan ketika diberikan dalam bentuk puisi atau majas. Katakan ide dan gagasan anda dengan puisi. Contoh kalimat majas adalah Si jago merah (api) melahap habis perkampungan warga di jakarta selatan. Karena sering mendapatkan nilai yang sempurna, andi menjadi anak emas (murid kesayangan) di sekolahnya.

Kedua, tulisan yang baik adalah tulisan yang mengandung informasi. Data dan fakta bisa membuat tulisan menjadi bernilai. Tulisan yang informatif akan memberikan segi manfaat kepada pembaca, terutama pembaca yang sibuk dan berpendidikan yang hanya akan meluangkan sedikit waktunya untuk sesuatu yang berharga. Mereka cenderung memilih bacaan yang memang memberikan manfaat dari segi informasi yang dikandungnya. Namun perlu diperhatikan tulisan populer berbeda dengan tulisan ilmiah yang cenderung kaku dan fokus berisi data-data. Tulisan populer harus menghantarkan data dan fakta tersebut dengan bahasa dan cara yang mudah dicerna oleh sebagian besar lapisan masyarakat. Perlu diingat, bahwa tulisan tidaklah bertujuan untuk menunjukkan kepintaran penulis, namun bagaimana informasi dan ide itu tersampaikan pada pembaca.

Ketiga, sisi subjektif penulis juga perlu ditonjolkan dalam tulisan. Pemikiran, perenungan dan tanggapan penulis terhadap suatu ide muncul dalam tulisan. Tulisan merupakan sudut pandang penulis dalam mengungkapkan ide. Penulis menuangkan hasil observasinya terhadap suatu peristiwa atau keadaan ke dalam tulisannya. Tulisan populer berbeda dengan text book yang cenderung kaku dan datar, hanya memunculkan fakta dan data ilmiah.

Keempat, tulisan yang menarik akan memperbesar peluang tulisan anda merebut waktu pembaca. Tulisan anda harus atraktif, itulah kata kunci untuk membuat rating tulisan anda menjadi tinggi. Begitu banyaknya tulisan yang ada di muka bumi ini membuat tulisan anda harus bersaing berebut pembaca. Layaknya iklan makanan di TV, terkadang tulisan yang sedikit berbumbu garing rangginan akan cukup menarik bagi pembaca. Berikan kata-kata dan kalimat yang layak untuk dibaca oleh pembaca. Bawakan tulisan dengan mengalir dan senantiasa membangkitkan rasa ingin tahu pembaca untuk terus membaca dari satu paragraf ke paragraf berikutnya. Berikan ide-ide yang boom atau buzzword disetiap paragrafnya. Berikan pembaca alasan bahwa mereka layak meluangkan waktu mereka untuk membaca tulisan anda.

Kelima, tulisan juga harus menghibur. Pembaca akan bosan dan jenuh jika tulisan miskin bumbu-bumbu. Hambar rasanya. Tulisan perlu ditambah bumbu lelucon, guyonan segar bugar sehingga pembaca merasa terhibur dan senang dengan tulisan tersebut. Berikan lelucon atau guyonan cerdas dalam tulisan anda. Sedikit joke tidak akan membunuh tulisan. Jika tulisannya adalah tentang sesuatu yang mengharukan, maka tulisan yang membangkitkan sisi emosional pembaca itulah yang menjadi titik tekannya.

Terakhir, buatlah tulisan dengan metode bercerita, bertutur. Jangan menggunakan bahasa yang komplek. Kalimat panjang dengan banyak sub clause akan membuat pembaca mengernyitkan dahi (Naon sih..ieu, asa lieuer...). Pembaca perlu mencerna lebih jauh terhadap kalimat panjang dan komplek. Komplek rumah mahal harganya, sedangkan kalimat komplek bisa membuat tulisan anda menjadi murah karena ditinggal pembaca.  Gunakanlah kalimat pendek namun jelas dan kaya informasi. Metode bercerita itu juga bersifat persuasif atau mengajak orang melakukan sesuatu.

Itulah beberapa tips untuk menulis. Saya merangkumnya dalam kata KISAH CERITA, yaitu singkatan dari Kreatif, Informatif, subjektif, atraktif, hiburan dan cerita. Tips tersebut cukup handal dalam membuat suatu tulisan populer dan tulisan ilmiah populer, sedangkan untuk tulisan ilmiah, memiliki karakter yang berbeda dengan populer. Tulisan ilmiah lebih fokus pada penyampaian data-data.

Menjadi penulis bukanlah pekerjaan mudah, membutuhkan komitmen yang kuat.  Tantangan dan halangan datang silih berganti. Konsistensi menulis sering terhalangi oleh kesibukan dan keengganan meng-observasi dan belajar dari ilmu dan tulisan yang telah ada. Tentunya, tulisan bukanlah sekedar tulisan. Tulisan yang baik adalah yang datang dari penelitian, perenungan, pengamatan, pembacaan, pemikiran yang menyeluruh. Oleh karena itulah, menulis juga membutuhkan komitmen, seperti para samurai yang senantiasa memegang teguh komitmen. Dalam sejarah, samurai selalu memegang teguh komitmen, bagi mereka, kematian bukanlah hal terburuk yang dapat terjadi. Tragedi terbesar bagi mereka adalah menjalani hidup tanpa komitmen/prinsip. Itulah spirit bushido.

Selamat menulis, selamat berjihad keluar dari budaya primitif.... para samurai pena...

RNA-Bee - RNA ISOLATION REAGENT

Overview

Catalog No: CS-104B - 100 ml / CS-105B - 200 ml / CS-501B - 500 ml
Storage: Store at 2 - 8 C

Product Description

RNA-Bee is a complete and ready-to-use reagent for isolation of total RNA from samples of human, animal, plant, bacterial and viral origin. RNA-Bee is the improved version of the single-step method of RNA isolation: (1). The improved RNA-Bee provides a fast and highly reliable method for isolating pure and undegraded RNA from a large variety of biological samples. RNA-Bee and the single-step method are subjects of the US patent 4,843,155. RNA-Bee is a monophase solution containing phenol and quanidine thiocyanate. A biological sample is homogenized or lysed in RNA-Bee and the homogenate/lysate is separated into aqueous and organic phase by the addition of chloroform. The subsequent centrifugation efficiently removes DNA and proteins from the aqueous phase containing RNA. The undegraded, pure RNA is obtained from the aqueous phase by the isopropanol precipitation, washing with ethanol and solubilization in an appropriate solution. The entire isolation procedure can be completed in 1 hour. The isolated RNA is appropriate for Northern blotting, poly A + selection, RT-PCR, and other molecular biology techniques. Stability RNA-Bee is stable at 2 - 8 C for at least one year from date of purchase. Special Handling Precautions RNA-Bee contains a poison (phenol) and an irritant (guanidine thiocyanate). CAUSES BURNS. Can be fatal. When working with RNA-Bee, use gloves and eye protection (face shield, safety goggles). Do not get on skin or clothing. Avoid breathing fumes. Read the warning note on the container and MSDS. In case of contact: Immediately flush eyes or skin with a large amount of water for at least 15 minutes and seek medical attention. I Protocol for RNA isolation Reagents required but not supplied: chloroform isopropanol, and ethanol. We recommend the use of disposable polypropylene tubes. The tubes should be tested to ensure integrity during centrifugation at 12,000g with RNA-Bee and chloroform. The protocol describes isolation of RNA with 1 ml of RNA-Bee using the following steps: 1. HOMOGENIZATION 1 ml RNA-Bee + 50 mg tissue or 5 x 106 cells 2. PHASE SEPARATION homogenate + 0.2 ml chloroform 3. RNA PRECIPITATION aqueous phase + 0.5 ml isopropanol 4. RNA WASH 1 ml 75% ethanol 5. RNA SOLUBILIZATION Water, 0.5 % SDS or buffer All steps can be carried out at room temperature unless otherwise stated. 1. Homogenization A. TISSUES. Homogenize tissue samples in RNA-Bee (1 ml / 50 mg tissue) using a glass-glass, glass-teflon, or Polytron homogenizer. The sample volume should not exceed 10% of the RNA-Bee volume. B. CELLS. Cells grown in monolayer should be lysed directly in the culture dish by the addition of RNA-Bee. Use at least 1 ml of the reagent for a 3.5 cm petri dish. Pass the lysate through a pipette several times to ensure lysis. Cells grown in suspension should be sedimented first and then lysed by the addition of RNA-Bee. Add at least 0.2 ml of RNA-Bee per 106 cells and lyse by repeated pipetting. 2. Phase Separation Add 0.2 ml chloroform per 1 ml of RNA-Bee, cap the tube and shake vigorously for 15 - 30 seconds. Store the sample on ice (or at least 4 C) for 5 minutes. Centrifuge the homogenate at 12,000g for 15 minutes at 4 C. Following centrifugation, the sample forms the lower blue phenol-chloroform phase, interphase, and the upper colorless aqueous phase. RNA remains exclusively in the aqueous phase whereas DNA and proteins are in the interphase and organic phase. The volume of the aqueous phase is about 50% of the initial volume of RNA-Bee plus sample volume. Chloroform should not contain isoamyl alcohol or any other additives. 3. RNA Precipitation Transfer the aqueous phase to a clean tube, add 0.5 ml of isopropanol, and store the sample for 5-10 minutes at room temperature. Centrifuge at 12,000g for 5 minutes at 4 - 25 C. RNA precipitate (often not visible before centrifugation) forms a white-yellow pellet at the bottom of the tube. 4. RNA Wash Remove the supernatant and washs the RNA pellet once with 75% ethanol, shaking or votexing to dislodge the pellet from the side of the tube. Centrifuge for 5 minutes at 7,500g at 4 - 25 C. Use at least 1 ml of ethanol solution per 1 ml of RNA-Bee used for the initial homogenization. An additional wash with 75% ethanol improves 260/280 ratio and might be necessary to use the isolated RNA in enzymatic assays. 5. RNA Solubilization At the end of the procedure, briefly air-dry the RNA pellet (5 - 10 minutes). It is important not to let the RNA pellet dry completely, as this greatly decreases its solubility. Do not dry RNA by centrifugation under vacuum. Dissolve the RNA in water, 0.5% SDS or buffer by passing the solution through a pipette ip and/or incubating for 10 - 15 minutes at 55 - 60 C. Tubes, water or solutions used for RNA solubilization should be made RNase-free by diethyl pyrocarbonate (DEPC) treatment. The final preparation of RNA has a 260/280 ratio 1.6 - 1.9.

Purification Genomic DNA from Soil_Throughing Method

<<<<<<<<<<<<<<.>>>>>>>>>>>>>>

(Harnpicharnchai et al., 2007)

One among numerous problem from soil DNA genomic is the present of inhibitors. To remove them, try this technique.......simple, cheap, and clean. No need to use commercial kit.....


1. Subject unpurified genomic DNA from soil to electrophoresis in TAE or
TBE agarose gel (0.8-1%) in the presence of 0.1-0.5 μg/mL of ethidium
bromide at 85 volts for approximately 45 minutes.
2. Make a rectangular well (trough) approximately 0.5-1 cm wide just below
the DNA band directly in front of the path of DNA migration by a sharp
scalpel.
3. Remove excess agarose in the well. Fill well thoroughly with troughing
buffer (25% PEG8000 in TAE or TBE buffer).
4. Do additional electrophoresis (for approximately 30 minutes) until the DNA
band was in the middle of the well.
5. Collect DNA in a clean tube.
6. Extract DNA once with chloroform:isoamyl alcohol (24:1 v/v).
7. Precipitate DNA with 2 volumes of ethanol at –80°C for 25 minutes.
8. Spin at 13,000 rpm for 30 minutes.
9. Discard supernatant. Wash DNA pellet with 70% ethanol. Spin at 13,000
rpm for 25 minutes.
10. Resuspend DNA in 20 μL of water or TE buffer.


For further detail, please refer to this Article:

Harnpicharnchai,P. etal(2007) An efficient purification and fractionation of genomic DNA from soil by modified troughing method.Letters in Applied Microbiology. 45: 387–391

DNA extraction from Soil

For All you guys whom dealing with environmental molecular
For All you guys whom dealing with metagenomic world......
Relax....we have to be patient...and keep moving forward


DNA extraction from soil (Zhou et al, 1996)
Advantage: Simple & High DNA Yield......

1. Weigh 5-15 g of soil into 50-mL tube.
2. Add 13.5 mL lysis buffer (100 mM Tris-HCl, 100 mM sodium
EDTA, 100 mM sodium phosphate, 1.5 M NaCl, and 1% CTAB)
plus 100 μL of proteinase K (10 mg/mL). Shake horizontally at
37°C for 30 minutes.
3. Add 1.5 mL of 20% SDS. Incubate at 65°C for 2 hours with
gentle, end-to-end inversion every 15-20 minutes.
4. Spin at 7000 rpm (6000g) for 10 minutes.
5. Transfer supernatant to a clean 50-mL tube.
6. Add 4.5 mL lysis buffer plus 0.5 mL of 20% SDS to soil pellet.
Vortex for 10 seconds.
7. Incubate at 65°C for 10 minutes.
8. Spin at 7000 rpm (6000g) for 10 minutes.
9. Collect supernatant and combine with the supernatant from step5.
10. Repeat steps 6-9 again.
11. Extract the supernatant with equal volume of chloroform/isoamyl
alcohol (24:1 v/v).
12. Spin at 6500 rpm (5500g) for 10 minutes.
13. Collect aqueous (top) phase in a 40-mL Sorvall tube.
14. Precipitate genomic DNA with 0.6 volume of isopropanol at room
temperature for 1 hour or overnight.
15. Spin at 11,600 rpm (16,000g) for 20 minutes.
16. Discard supernatant. Wash DNA pellet with approximately 3 mL
of cold 70% ethanol. Spin at 11,600 rpm (16,000g) for 10
minutes.
17. Air-dry pellet.
18. Resuspend DNA pellet with approximately 150 μL of dH2O.

Ok good luck.......


For Detail please refer to this Article :
Zhou et. al. (1996) DNA Recovery from Soils of Diverse Composition. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. 62(2) : 316–322

DNA Extraction from Kiwifruit- Teacher Handout

Introduction

DNA is present in the cells of all living organisms. This procedure is designed to extract DNA from kiwi in sufficient quantity to be seen and spooled. This activity is ideal for students to work in pairs, but each student will have a tube of DNA at the end.

Materials

• knife for cutting kiwi
• one small ziplock bag per group of students
• jar or beaker that fits strainer or funnel
• strainer or funnel
• cheese cloth (or a #6 coffee filter)
• ice water bath (a large mixing bowl works well)
• water
• clear-colored shampoo, such as Suave Daily Clarifying Shampoo
• kiwifruit, half a kiwi per group of students
• table salt, either iodized or non-iodized
• 1 large test tube (holds 20 ml) per group, preferably with a cap
• 1 small test tube (holds 10 ml) for each student, preferably with a cap
• cold 95% ethanol (grain alcohol)

Protocol

1. Set up an ice water bath.

2. Each group will use half a kiwi and 20 ml of the following shampoo solution:
For one liter of the shampoo solution, mix 100 ml of shampoo and 15 g of table salt. Add water to make a final volume of 1 liter. Dissolve the salt y stirring slowly to avoid foaming. Measure 20 ml of solution for each group of students.

3. Peel the kiwi, cut them into about 12 pieces.

Directions for each group:

4. Get 6 pieces of kiwi and put them in a ziplock bag.

5. Add 20 ml of shampoo solution to the ziplock bag. Make sure the bag is closed with out much extra air. What do you think the shampoo solution does to the kiwi?

6. Mush the kiwi thouroughly but carefully so the bag doesn't break, for about 5 minutes. What does mushing the kiwi do?

7. Cool the kiwi mixture in the ice bath for a minute. Then mush the kiwi more. Cool, then mush. Repeat this several times. Why do we cool the mixture?

8. Filter the mixture through cheesecloth. All the groups can combine their mixtures at this point, to filter together. What is being filtered out? What is going through the filter?

9. Dispense approximately 3 ml of kiwi solution into each test tube, one for each student.

10. Being careful not to shake the tubes, add approximately 2 ml of cold 95% ethanol to each tube. What do you think the ethanol does? Why do we want it cold?

11. Take a look at your tube. What do you see in the top portion of the liquid?

Adapted from UNiv. Arizona

Main Step Of Metagenomic DNA Library

Emerging Nucleic Acid

There are numerous microbe which have not discovered yet............Metagenomic is one of solution